Pada proses pembelajaran biologi di kelas XI IPA MAS Koto Rendah masih menggunakan metode ceramah,guru hanya mencatat materi di papan tulis dengan buku seadanya menerangkan materi pembelajaran untuk mengetahui hasil belajar menggunakan media animasi dan yang tidak menggunakan media animasi serta pengaruh media animasi terhadap hasil belajar biologi di kelas XI IPA MAS Koto Rendah. Jenis penelitian ini adalah kuantitatif dengan tipe rancangan Randomized control group posttest only design.Populasi penelitian adalah seluruh siswa kelas XI IPA MAS Koto Rendah. Teknik pengambilan sampel adalah teknik sampling jenuh dengan cara mengumpulkan nilai mid semester ganjil Biologi siswa kelas XI IPA MAS Koto Rendah, melakukan uji normalitas dan melakukan uji homogenitas. Hasil penelitian diperoleh bahwa: Hasil belajar biologi siswa yang menggunakan media animasi pada pembelajaran biologi di kelas XI IPA MAS Koto Rendah diperoleh rata-rata sebesar 82,29 dengan standar deviasi 9.506. Berdasarkan hal tersebut dapat diketahui bahwa semua siswa kelas eksperimen memperoleh nilai di atas KKM. Dan hasil belajar yang tidak menggunakan media animasi pada pembelajaran biologi di kelas XI IPA MAS Koto Rendah diperoleh rata-rata 68,55 dengan standar deviasi 6,642. Berdasarkan hal tersebut dapat diketahui bahwa sebagian siswa kelas kontrol memperoleh nilai di bawah KKM. Dari hasil uji-t independen (independent-samples t test) menggunakan program SPSS versi 20.00 diperoleh nilai Sig. (2-tailed) sebesar 0.000 karena nilai signifikan lebih kecil dari taraf kesalahan 5% (0,000 < 0,05) menunjukkan bahwa terdapat pengaruh media animasi terhadap hasil belajar biologi siswa kelas XI IPA MAS Koto Rendah.